Jayapura merupakan ibu kota dari provinsi Papua yang merupakan salah satu provinsi besar di Indonesia. Jayapura terbagi menjadi kota Jayapura dan kabupaten Jayapura, kota Jayapura memiliki 5 distrik yang terdiri dari Jayapura utara, Jayapura selatan, Abepura, Muara tami dan heram sedangkan kabupaten Jayapura memiliki banyak distrik yang terdiri dari distrik depapre, distrik nimbokran, sentani dll. Jayapura merupakan salah satu daerah yang berada di pinggiran pulau Papua sehingga terdapat banyak sekali pantai seperti pantai Hamadi, pantai Base-G, pantai dok 2, pantai holtekam, pantai tablanusu, pantai Amay. Selain memiliki banyak pantai, Jayapura juga memiliki satu danau yang cukup luas yaitu danau Sentani dengan luas sekitar 9630 ha dan memiliki kedalaman kira-kira 52m yang terlatak pada ketinggian 72m diatas permukaan laut, danau Sentani terletak di distrik Sentani, Sentani timir, sentani barat dan sebagian terletak di daerah distrik Abepura kota Jayapura.
Danau sentani merupakan danau yang unik karena didalam danau tersebut tidak hanya terdapat jenis ikan air tawar melainkan terdapat juga beberapa jenis ikan air laut seperti ikan hiu gergaji (Pristis microdon), ikan belanak (mugil cephalus), belut (Anguilla australis) dan lain – lain. Saat bencana alam longsor dan banjir bandang di tahun 2019 kemarin terdapat suatu fenomena dimana banyak ikan hiu gergaji yang terdampar, masih belum diketahui apakah sampai sekarang hiu gergaji masih ada atau sudah punah. Jumlah penduduk yang semakin banyak di daerah sentani juga dapat menyebabkan adanya pencemaran perairan pada Danau Sentani. Di pinggiran Danau Sentani banyak terdapat rumah panggung diatas danau, selain iu hampir semua rumah tersebut memiliki tambak ikan. Karena adanya pemukiman warga di sekitar pinggiran danau menyebabkan turunnya kualitas air pada Danau Sentani yang telah melebihi baku mutu pemerintah yang terdapat dalam PP 82 Tahun 2001. Selain itu semakin banyaknya jumlah penduduk dapat mengakibatkan hilangnya vegetasi penutupan lahan yang terjadi akibat perpindahan ladang dan juga mengakibatkan kapasitas infiltrasi yang kecil sehingga menyebabkan aliran permukaan menjadi lebih besar dan dapat menyebabkan banjir yang besar, selain itu saat adanya pembukaan jalan dengan penebangan Pohon akan menyebabkan kandungan sedimen di permukaan meningkat dan masuk ke sungai dan akhirnya bermuara ke wilayah pesisir dan laut yang dapat merusak kandungan dalam air karena sedimen tersebut mengandung nitrogen dan fosfat. Masalah yang terjadi tersebut dapat menjadi ancaman bagi potensi danau Sentani yaitu potensi penyediaan air minum, potensi bagi keperluan irigasi area pertanian, dan dapat menyebakan peningkatan jumlah nitrogen dan fosfat yang berlebih dan berada di atas baku mutu pemerintah.
Selain di danau sentani terdapat beberapa pencemaran pada air laut di sekitar perairan Depapre, kabupaten Jayapura. Sama hal nya dengan penyebab pencemaran pada Danau Sentani, pencemaran di pesisir pantai juga disebabkan karena adanya makin padat nya penduduk dan meningkatnya pertumbuhan kegiatan ekonomi-sosial pada wilayah pesisir. Masih banyak masyarakat yang sudah mulai sadar akan kebersihan lingkungan tetapi masih banyak juga yang keras kepala dan menganggap laut sebagai tempat pembuangan limbah, dimana limbah tersebut sangat berdampak bagi degradasi (penurunan mutu) pada lingkungan pesisir laut pada wilayah tersebut. Hal tersebut dapat menyebabkan zat-zat organik dan anorganik dapat masuk kedalam badan air dan dapat menyebabkan kualitas air menurun secara fisik, kimia, dan biologi. Daerah kabupaten Jayapura sedang dalam fase pengembangan wilayah pada beberapa kegiatan seperti kegiatan pelabuhan, pariwisata bahari, perumahan warga, dan juga pengembangan budidaya laut dan perikanan. Kegiatan yang merubah ekosistem di laut akan berbahaya disebabkan dari kegiatan antropogenik yang berbahaya bagi ikan dan organisme di laut. Aktivitas manusia dapat berpengaruh pada kualitas air dimana pada teknik biomonitoring yang dilakukan untuk mengetahui kualitas air dilakukan pengujian seperti uji Dissolved Oxygen (oksigen terlarut), Biochemical Oxygen demand (BOD), pengukuran kandungan Ammonia total (NH3N), Fosfat (PO4P) dan Nitrat, salinitas dan juga pH air. Hal tersebut dilakukan sebagai parameter melihat kelayakan air pada air laut di beberapa pantai pada Kabupaten Jayapura.
Upaya yang dapat dilakukan dalam menanggulangi masalah pencemaran perairan di Jayapura adalah penertiban wilayah pemukiman di pinggir danau dan juga peraturan pembuangan limbah yang dilakukan oleh pemerintah Jayapura, selain itu pemerintah dapat membentuk suatu tim dalam dinas lingkungan yang berfokus dalam biomonitoring perairan yang ada di Jayapura, sehingga tidak hanya mengingatkan masyarakat untuk menjaga lingkungan tetapi dapat mengontrol kebersihan perairan Jayapura, selain dalma mengontrol kebersihan lingkungan, kegiatan biomonitoring dapat membantu dalam mengetahui jenis pencemar sehingga dapat di tindak lanjuti jenis pencemar tersebut dan asal pencemar nya, dalam tim biomonitoring yang dibentuk dapat diambil dari dinas lingkungan, dinas perikanan dan juga lulusan baru dari fakultas kesehatan masyarakat. Pada bidang biomonitoring tidak hanya mengambil sampel dari alam seperti air, sedimen dan moluska di sekitar perairan melainkan juga dapat dilakukan human monitoring seperti mengambil sampel rambut dan urine dari warga masyarakat yang tinggal di pinggiran perairan tersebut.
